Toepassingen voor e-zakendoen zijn webtoepassingen die kunnen worden geïmplementeerd om taken voor bedrijven uit te voeren. Deze toepassingen zijn niet alleen voor online bedrijven, maar ook voor traditionele bedrijven. Achter de schermen vertrouwen e-businessapplicaties gewoonlijk op relaties tussen bedrijfsservers en eindgebruikerscomputers. Veelgebruikte e-businessapplicaties bieden een manier voor een bedrijf om met consumenten op internet te communiceren of om taken uit te voeren die zijn gerelateerd aan het voldoen aan consumentenbehoeften (zoals het online volgen van postzendingen).
Applicatie server
Een voorbeeld van een e-businessapplicatie is wanneer een bedrijf een e-businessapp maakt waarin gebruikers alleen via een webbrowser communiceren met de applicatie. De applicatieserver is verantwoordelijk voor het retourneren van HTML-inhoud (informatie) aan gebruikers op basis van hun verzoeken. Deze server verzamelt ook informatie die door gebruikers is ingevoerd in hun webbrowser. De uitwisseling van informatie tussen client en server en server en client vindt altijd plaats via een webserver.
Business Suite
Een ander type e-businessapplicatie is een bedrijfssuite die wordt aangeboden door een bedrijf als Oracle of IBM. Deze reeks toepassingen is gekoppeld aan de bestaande informatiesystemen van het bedrijf. Financiële transactiegegevens kunnen bijvoorbeeld met een financiële applicatie worden overgebracht naar het boekhoudsysteem van het bedrijf. Een e-business suite kan een bedrijf helpen transacties uit te voeren zoals het verzamelen van online betalingen, het beheren van voorraad, het volgen van verkooppatronen, het plannen van distributieroutes, het plaatsen van productbeschrijvingen op webpagina's en het beheren van klantinformatie in een database.
Enterprise Content Management Systems
Een Enterprise Content Management System (ECMS) helpt een bedrijf dat een grote hoeveelheid webinhoud moet beheren. Inhoud kan bestaan uit vele soorten digitale bestanden, waaronder tekst, audio, video, grafische afbeeldingen en financiële gegevens. Een bedrijf gebruikt een grote database (soms op basis van veel servers) om informatie te beheren die is verzameld via webformulieren. Memorial Health System in Colorado Springs werkte bijvoorbeeld samen met IBM om een Physician Link-service te creëren met behulp van een ECMS. Een lokale arts meldt zich aan bij Physician Link met behulp van een webbrowser die zich overal bevindt. Ze kan de laboratoriumtestresultaten van een patiënt op het web bekijken en vervolgens in receptorders naar een verpleegkundige in het ziekenhuis bellen.