Tegenwoordig zullen mensen die goederen willen verzenden (of mensen willen verplaatsen) zich waarschijnlijk realiseren dat het niet altijd logisch is om zich aan slechts één transportmiddel te houden. Er kan bijvoorbeeld lading van een schip op een vrachtwagen worden geladen, die het overbrengt naar een platform, van waar het met de trein het land zal worden overgebracht. Intermodaal transport kan efficiënter en goedkoper zijn; in sommige gevallen heeft het echter duidelijke nadelen in termen van snelheid en betrouwbaarheid.
Snelheid
Hoewel intermodaal transport het voordeel biedt van relatief lage kosten in vergelijking met andere methoden, verkrijgt het dit door snelheid op te offeren; Op elk moment dat vracht wordt overgebracht naar een relatief langzamere manier van reizen, bijvoorbeeld treinen, die werken op vaste rails die mogelijk niet de directe route bieden als de wegen die een vrachtwagen gebruikt, vertraagt deze. Om te werken met maximale efficiëntie, moet intermodaal vervoer ook de hoeveelheid tijd die nodig is om in depots te wachten tot een nieuwe vervoerder aankomt of om te lossen, verminderen.
Gebrek aan betrouwbaarheid
Vanwege zijn afhankelijkheid van meer dan één modus van doorvoer, is ook intermodaal transport onderhevig aan een lagere algehele betrouwbaarheid; naarmate de keten van verschillende modi groeit, neemt ook de mogelijkheid dat een schakel in de keten uitvalt toe. Dit is met name problematisch wanneer een van de vervoerswijzen railvervoer is; spoorwegen zijn meer vatbaar voor vertragingen door slecht weer of uitval van apparatuur. Daarom hebben shippers die een betrouwbaar, snel transport nodig hebben, naast zorgen over de snelheid, minder snel intermodale systemen in overweging.
Schade
Wanneer lading moet worden geschud, riskeren verladers de mogelijkheid van schade als de vracht wordt overgebracht van de ene transportmethode naar de andere. Gelukkig kan dit gevaar worden verzacht, maar in het algemeen gaat dit gepaard met oververpakking door meer versterkend en beschermend materiaal toe te voegen dan normaal voldoende zou zijn. Dit extra gewicht en extra kosten compenseert gedeeltelijk de voordelen van intermodaal transport in termen van energie-efficiëntie en kosten.
Hoge infrastructuurkosten
Intermodaal vrachtvervoer heeft ook te lijden van relatief hoge infrastructuurkosten. Containerisatie heeft de kosten en de moeilijkheid van het transporteren van goederen verlaagd door hun formulier te standaardiseren; verladers kunnen gemakkelijk dezelfde container van een schip naar een trein naar een vrachtwagen verplaatsen. Het gebruik van deze containers vereist echter dat shippers over de heavy-duty kranen en apparatuur beschikken die nodig zijn om grote containers te manipuleren; deze infrastructuur bestaat misschien niet overal, vooral in ontwikkelingslanden.
